پس از چندی به همراه پدرش، به کاظمین علیه السلام هجرت کرد و در سال ۱۲۴۲ ق در ۵۴ سالگی در گذشت.
مکانت حدیثی
محدّث، مفسّر و صاحب اثر در همه علوم اسلامی است.۱ از استادان بزرگی چون پدرش، سیّد محمّدرضا شبّر (م ۱۲۳۰ ق)، علّامه سیّد محسن اعرجی (م ۱۲۴۰ ق)، شیخ جعفر کاشف الغطا (م ۱۲۲۸ ق) که از ایشان اجازه نقل حدیث گرفت و نیز از سیّد علی طباطبایی (م ۱۲۳۱ ق)، اسد اللّٰه کاظمی (م ۱۲۳۴ ق)، میرزا محمّدمهدی شهرستانی (م ۱۲۱۶ ق) و میرزا ابو القاسم قمّی (م ۱۲۳۱ ق)، بهره برد و شاگردان بسیاری چون محمّد بن مال بن معصوم قطیفی، (م ۱۲۶۹ ق)، عبد النبی بن علی کاظمی (م ۱۲۵۶ ق) و علی بن سیّد محمّد امین (م ۱۲۴۹ ق) نزد وی شاگردی کردند.
آثار حدیثی
علّامه شُبّر، نزدیک به هفتاد عنوان کتاب و رساله تألیف کرده که برخی از آنها به دهها مجلّد میرسند و تنها اندکی از آنها به چاپ رسیدهاند. وی به جهت کثرت نوشتار به مجلسی ثانی شهرت یافت. برخی آثار وی عبارتاند از:. الأخلاق؛ إرشاد المستبصر؛ أنوار الساطعة فی العلوم الأربعة؛ جامع المعارف و الأحکام (مجموعهای گسترده از احادیث در اصول و فروع دین؛ به صورت پراکنده در کتابخانههای مشهور، نگهداری میشود۲)؛ الجوهر الثمین فی تفسیر القرآن المبین. (در شش مجلّد)؛ زبدة الدلیل (کتابی گسترده و استدلالی در همه ابواب فقه)؛۳ صفوة التفاسیر۴ (نخستین تفسیر علّامه شبّر که تا کنون منتشر نشده است، ولی