(کهف)، ۱۶ (نحل)، ۷۱ (نوح)، ۱۴ (ابراهیم)، ۲۱ (انبیاء)، ۲۳ (مؤمنون)، ۳۲ (سجده)، ۵۲ (طور)، ۶۷ (ملک)، ۶۹ (حاقه)، ۷۰ (معارج)، ۷۸ (نبأ)، ۷۹ (نازعات)، ۸۲ (انفطار)، ۸۴ (انشقاق)، ۳۰ (روم)، ۲۹ (عنکبوت)، ۸۳ (مطففین)، ۲ (بقره)، ۸ (انفال)، ۳ (آل‌عمران)، ۳۳ (احزاب)، ۶۰ (ممتحنه)، ۴ (نساء)، ۹۹ (زلزال)، ۵۷ (حدید)، ۵۴ (قمر)، ۱۳ (رعد)، ۵۵ (رحمن)، ۷۶ (انسان)، ۶۵ (طلاق)، ۹۸ (بینه)، ۵۹ (حشر)، ۱۱۰ (نصر)، ۲۴ (نور)، ۲۲ (حج)، ۶۳ (منافقون)، ۵۸ (مجادله)، ۴۹ (حجرات)، ۶۶ (تحریم)، ۶۱ (صف)، ۶۲ (جمعه)، ۶۴ (تغابن)، ۴۸ (فتح)، ۹ (توبه)، ۵ (مائده).
در این فهرست سوره فاتحة غایب است، اما ما می‌دانیم که او در سوره فاتحة [[ الصراط المستقیم را]] صراط المسقتیم، به صورت ترکیب اضافي [[و نه وصفی]] می‌خوانده است، پس ممکن است که این سوره را کاتب اشتباها از قلم انداخته باشد. شاید هم او نیز مانند ابن مسعود فاتحة را تنها دعا می‌دانسته و آن را وارد متن خویش نمی‌کرده است. درباره بقیه سوره‌ها، این فهرست آشکارا تلاشی برای مرتب کردن سوره‌ها طبق ترتیب تاریخی‌شان است، و اگر این اصیل باشد می‌تواند بدین معنا باشد که جعفر[[ع]] مصحفی تدارک دیده بوده که در آن مطالب متن رسمی را این گونه مرتب کرده بوده است. اما محتمل هست که او در مصحفش قرائت‌های خاص خودش را گنجانده باشد.
این قرائت‌های اندکی که از او بر جای مانده است حاکی از متنی گزینشگرانه است، در نتیجه مصحف او را باید مصحفی ثانوی و فرعی قلمداد کرد.۱
