محمد[[ص]] در نقطه مرکزی وحی قرار گیرد. معمولاً فعل‌های نَزَّلَنا، أَنزَلنا، أَنزَلَ الله یا أُنزِلَ هستند که با عبارت في علي می‌آیند. اصطلاح دیگری که شیعیان متقدم از سانسورش اظهار ناراحتی می‌کردند آل محمد و گاه آل محمد حَقَّهُم (حق خاندان محمد) بود. به نظر آنان در جاهای گوناگونی از قرآن که از ستمکاران ـ الظالمون، الذین ظلموا (بقره۲: ۵۹؛ انعام۶: ۹۳؛ کهف۱۸:۲۹ و...) ــ سخن می‌رود، در اصل باید چنین خوانده شود: الذینَ ظَلَموا آلَ محمَّدٍ حَقَّهُم (آنان که حق خاندان محمد[[ص]] را ضایع کردند)، یعنی حق امامان شیعه را. نوع دیگری از تحریف تبدیل بعضی از کلمات به کلمات دیگر و اضافه کردن [[کلمات توسط مخالفان شیعه]] است. البته این دسته آخر خیلی به ندرت ذکر می‌شود و هیچ گاه هم مثالی برایش ذکر نمی‌شود، ولی برای تبدیل کلمات به کلمات دیگر چند مثال مشهور وجود دارد. بارزترین مثال مربوط است به آیه آل‌عمران۳: ۱۱۰ که می‌گوید: ”شما بهترين امتى هستيد كه براى مردم پديدار شده‏" ( كُنتُمْ خَيْرَ أُمَّةٍ أُخْرِجَتْ لِلنَّاسِ). با تبدیل کلمه أمة به أئمة، معنای کاملاً متفاوتی به دست می‌آید: ”شما بهترین ائمه هستید."^۱

در تعدادی از تفاسیر متقدم شیعه، اتهاماتی یافت می‌شود که از تردیدهای ساده فراتر می‌روند. برای مثال سعد بن عبدالله قمی (د.ح. ۹۱۳م [[۳۰۰ق]]) رساله‌ای در باب گونه‌های مختلف آیات نوشته‌ است که یک فصل مفصل آن در باب تحریف آیات است (باب التحریف في الآیات).^۲ از بسیاری از کتب دیگر مربوط به اواخر قرن نهم و اوایل قرن دهم میلادی [[دوم و سوم هجری]]، که تنها عنوانشان دانسته است، می‌توانیم بفهمیم که اعتقاد

حدی با دیگری متفاوت است.^۱

بنابراین عجیب نیست که این روند منجر به اتفاق نظر میان مسلمانان نشده باشد. به‌ویژه، فرَق شیعه، به رغم تنوع عقاید، با آن سازگار نیستند. نه نام علی[[ع]] و نه ذکری از انتصابش به عنوان جانشین معنوی محمد[[ص]]، و نه ذکری از امامان، در نسخه عثمانی نیامده است. بعضی از شیعیان از این موضوع نتیجه می‌گرفتند که جمع‌کنندگان قرآن آیات مربوط به این موضوعات را حذف کرده‌اند تا شیعیان را از حقوق مشروعشان برای رهبری جامعه محروم کنند. آنهایی که میانه‌رو‌تر بودند سعی می‌کردند با ارائه تفسیرهای خاصی برای آیاتِ موجود این کمبود را جبران کنند. این هدف از طریق تفسیر تمثیلی و هرمنوتیک باطنی قرآن ـ به اصطلاح مفسران: تأویل ــ به دست ‌می‌آید که برای کشف معانی پنهان قرآن استفاده می‌شود.^۲ بدین ترتیب امکان یافتن اشاراتی در باب امامان و امامت ممکن می‌شود، بدون اینکه به نام آنان تصریح شده باشد. یکی از مشهور‌ترین مثال‌ها از این نوع تفسیر، ذیل آیه ۲۴ سوره ابراهیم دیده می‌شود: عبارت ”درختى پاک كه ريشه‏اش استوار و شاخه‏هایش در آسمان است و در هر فصلی میوه فراوان دارد" را ناظر به علی[[ع]] و نوادگانش دانسته‌اند، و عبارت ”چون درختى ناپاک است كه از روى زمين كنده شده و قرارى ندارد" را ناظر به بنی امیه. علاوه بر همه اینها، عموما معتقدند علی[[ع]] قرآن را همراه پیامبر[[ص]] جمع و تدوین کرده‌ است.

شیعیانِ دیگر گرایش‌های تندروانه‌تری دارند. مؤلفان متقدم شیعه برای توجیه رویکرد خصمانه‌شان نسبت به متن موجود قرآن به احادیثی از امامان[[ع]] ارجاع می‌دهند. تعداد بسیار زیادی از این روایات از حذف کلمات خاصی سخن می‌گویند، که پربسامدترینشان في علي (درباره علی)، یا حتی في ولایة علي است: این آیات در شکل اصلی‌شان به‌صراحت امام اول را معرفی می‌کرده‌اند. مشهورترین مثال آیه ۶۷ سوره بقره است که می‌گوید: ”اى پيامبر آنچه از جانب پروردگارت به سوى تو نازل شده ابلاغ كن" (مائده۵: ۶۷). تنها لازم است که عبارت في علي را به عبارت يَا أَيُّهَا الرَّسُولُ بَلِّغْ مَا أُنزِلَ إِلَيْكَ مِن رَّبِّكَ اضافه کنیم تا داماد