پذیرش مشروط جدل و مجادله در دین، تأویل و نقادی عقلی برخی روایات خاص امامیه و بیان ادله عقلی مستقل از آیات و روایات (تکه عبارات معتزلیان در مباحث مختلف کلامی) گامی مهم در تعامل کلام امامیه و معتزله برداشت.
نسل بعدی متکلمان امامیه در این دوره مانند شیخ مفید، سید مرتضی و شاگردانشان نیز هرچند در امتداد پیشینیان خود می‌اندیشیدند، با این حال، بین آنها نیز اختلافاتی وجود داشته است و می‌توان جریان شیخ مفید و کراجکی را در مقابل سید مرتضی و دیگر شاگردان او مانند شیخ طوسی و ابوالصلاح حلبی دانست.
در بحث وجودشناسی عقل هرچند شیخ مفید و کراجکی همچنان برخلاف معتزلیان عقل را عَرَضی می‌دانستند که خداوند در وجود انسان قرار داده و به وسیله آن انسان امور استنباطی را می‌فهمد و خوب و بد را تشخیص می‌دهد، سید مرتضی و دیگر شاگردانش همچون معتزلیان عقل را تنها مجموعه‌ای از علوم ضروری و بدیهی دانستند که پایه اولیه استدلال‌های کلامی و تشخیص حسن و قبح است.
در مباحث مربوط به معرفت‌شناسی عقل هر دو گروه همچون دیگر متکلمان این دوره با پذیرش نظریه اکتسابی بودن معرفت و ردّ معرفت اضطراری رابطه نزدیک‌تری با معتزله در بحث جایگاه عقل پیدا کردند. از نظر آنان معرفت نتیجه و مولود استدلال عقلیِ انسان است و معارف اساسی دین نیز باید از طریق عقل حاصل شود و همین زمینه طرح مسئله وجوب نظر را در علم کلام فراهم می‌کرد.
با این حال، شیخ مفید در بحث رابطه عقل و وحی همچنان دیدگاه مدرسه کوفه و مدرسه قم را نمایندگی می‌کرد و با دیدگاه معتزله مخالف بود. او عقل انسان را در کسب معرفت نیازمند راهنمایی و «تنبیه» وحی می‌دانست و معتقد بود که عقل انسان به خودی خود نمی‌تواند معارف دینی را کسب کند. گفته شد این نیازمندی از نوع «تنبیه به شیوه و کیفیت استدلال» است و نه «تعلیم و آموزش». به بیان دیگر، برخلاف گمان برخی همچون مدرسی طباطبایی، مادلونگ و مکدرموت، شیخ مفید
