عقل عربی در پی ریشه‌یابی علت عقب‌ماندگی دنیای عرب است و در پاسخ به این مسئله به تحلیل گفتمان دینی مسلمانان می‌پردازد. او نقطه آغاز انحطاط مسلمان را فاصله گرفتن از اندیشه‌های اسلامی با محوریت قرآن در قالب دستگاه‌های گوناگون معرفت اسلامی و نزدیک شدن به نظام‌های غیراسلامی و به‌طور خاص گفتمان هرمسی و ایرانی می‌داند.
به گفته او فرهنگ عربی همواره میان دو نظام معرفتی ناهمگون درگیر بوده که همزمان دو گرایش ایدئولوژیک متعارض آنها را نمایندگی کرده‌اند؛ نظام بیانی و قیاسی با ایدئولوژی سنّی از یک سو و نظام عرفانی و هرمسی با ایدئولوژی شیعی در سوی دیگر.
به گفته جابری، نظام نخست ریشه در اسلام، متن قرآن و سنت دارد و به عبارتی نماینده دیدگاه «معقول دینی» است و دومی ریشه در تفکرات عرفانیِ ایرانی - هرمسی دارد و نماینده جریان «غیرمعقول دینی» است. او امامان شیعه و به ویژه امام صادق علیه السلام و اصحاب ایشان و به‌طور خاص هشام بن حکم را مروّج نظام تفکر هرمسی می‌داند.
همان‌‌‌‌‌‌‌طور که مشخص است، هرچند جابری به طور مفصل دیدگاه شیعه را درباره عقل بررسی نکرده و از زاویه‌ای متفاوت به تحلیل آن پرداخته است، ولی او نیز همانند امیرمعزّی عقل شیعی را باطنی و عرفانی می‌داند.
برخی متفکران جهان اسلام به نقد پروژه نقد عقل عربی پرداخته‌اند۱ و برخی نیز به‌طور خاص ادعاهای او درباره تشیع را به چالش کشیده‌اند؛ از آن جمله می‌توان به کتاب محنة التراث الاخر: النزعات العقلانیة فی الموروث الامامی۲ و مقاله
