شيعه به فعّاليت پرداخت و كتاب النواقض را به سال ۹۸۷ ق ، نوشت. ^۱
سوم ، كتاب إحقاق الحق را در ردّ بر إبطال نهج الباطل فضل بن روزبهان خنجى (م ۹۲۷ ق) نوشت. فضل بن روزبهان خنجى ، از علماى برجسته قرون نهم و دهم هجرى ، با پيروزى صفويان ، به خراسان و ماوراء النهر گريخت و خود را در اختيار ازبك ها قرار داد. ^۲ وى ، كتاب إبطال نهج الباطل را در ردّ كشف الحق و نهج الصدق علاّمه حلّى (م ۷۲۶ ق) نوشت. موضوع كتاب علاّمه ، مسئله امامت بود و فضل بن روزبهان ، رديّه خود را به سال ۹۰۹ق ، به رشته تحرير در آورد. ^۳ در اين شرايط سخت ، علاّمه تصميم گرفت كه پاسخ آن را با عنوان احقاق الحق فى نقض إبطال الباطل ^۴ يا إحقاق الحق و إزهاق الباطل بدهد و توانست تأليف اين كتاب را در همان سال به پايان برساند.
اين كتاب از كتاب هاى كلامى مشهورى است كه مخصوصا در قسمت مبحث اماميّه ، بسيار مبسوط و مفصّل ، بحث كرده است. گفته هاى علاّمه حلّى با عنوان : «قال المصنّف» ، گفته هاى فضل بن روزبهان با عنوان : «قال الناصب» و گفته هاى قاضى نور اللّه با عنوان : «أقول» آمده است. تأليف اين كتاب ، هفت ماه طول كشيده است.
همان سال با درگذشت اكبر شاه ، اوضاع هند دگرگون شد. محدّث و عالم شيعه معاصر ، قاضى مير يوسف اكبر آبادى ، به قاضى پيشنهاد تقيّه كرد ، ولى او نپذيرفت. ^۵

متنفّذ و مورد احترام علما و امراى دربار اكبرى بوده است. ابوالفتح گيلانى (م ۹۷۷ ق) ، عالم مشهور دربار اكبر شاه ، در مكتوبى به وى ، با تعريض به قاضى ، چنين آورده است:
دعاى دوستان از زبان نيكان ، مستجاب باد تا استجابت دعاهاى ما گم راهان را در آن درگاه ، بار نيست . ^۱
ايشان ، با صدور اجازاتى توسّط اساتيد خود ، عبدالوحيد شوشترى و عبدالواحد مشهدى ، علاوه بر تدريس تفسير ، فقه ، حديث و عقايد اماميّه ، با تأليفات خود به تبليغ تشيّع و دفاع از آن مى پرداخت. ^۲
آوازه قاضىِ شهيد ، در پاسخ گويى به رديّه هايى است كه علماى اهل سنّت ، بويژه علماى مطرود از جانب حكومت صفويه ، عليه شيعه نگاشته بودند.
وى نخست ، كتاب الصوارم المهرقة را در ردّ الصواعق المحرقةى ابن حجر هيثمى عسقلانى (م ۹۷۴ ق) نوشت. موضوع كتاب ابن حجر ، ردّ اماميّه و حقيقت مذهب عامّه ^۳ بود كه در ميانه قرن دهم در شهر مكّه ، بر ضدّ شيعه تأليف شده بود. ^۴
دوم ، كتاب مصائب النواصب را در ردّ بر كتاب نواقض الروافض فى تخطئة الإماميةى ميرزا مخدوم شريفى (م ۹۸۸ يا ۹۹۵ ق) نوشت.
ميرزا مخدوم شريفى ، سنّى مذهب بود و در سال ۹۸۵ ق ، وزير شاه اسماعيل دوم صفوى بود و به سعى همين ميرزا مخدوم ، شاه اسماعيل ، سنّى مذهب شد. به سبب مباهله اى كه بين وى و امير مرتضى طباطبايى صورت گرفت ، نظر شاه نسبت به مخدوم ، تغيير نمود ^۵ و امير مخدوم ، راهى سرزمين عثمانى شد و در آن جا بر ضدّ