احتمالى كه به نظر خردمندان واجب است (تا چه رسد به زيان حتمى) [ دست به اين مهاجرت زدم] و چه زيانى آفت بارتر از جلوگيرى علم از اهل علم و سستى ما در اين روزگار از آنچه كه برايش آفريده شده ايم؟ چگونه به سكونت در وطن خود ، خشنود شوم كه جز زاهدان و نادانان ، كسى در آن ديار يافت نمى شود و چگونه در آن جا لباس وقار بپوشم كه در اذيت و آزارم؟ ۱
حامد الگار ، از پژوهشگرانى است كه علل اساسى اين مهاجرت را مرهون دو عامل مى داند:
۱. پيروزى صفويان در ايران و چشم اندازهايى كه پديد آورد؛
۲. غلبه تركان عثمانى بر سوريّه در سال ۹۲۳ ق / ۱۵۱۷ م ، و دگرگونى هايى كه اين پيروزى در اوضاع آن سامان به دنبال آورد ، موجب شد كه عالمان شيعى از آن سرزمين ها به ايران كوچ كنند. ۲
از بين دو ديدگاهى كه بيان شد ، مى توان به يك جمع بندى رسيد و آن اين كه به دنبال دعوت حكومت صفوى از علماى جبل عامل و ورود محقّق كركى به سال ۹۱۶ ق ، مرحله دوم مهاجرت ، همراه با فشار از جانب حكومت عثمانى بوده است و اين ، همان چيزى است كه از گفته هاى حسين بن عبدالصمد ، برداشت مى شود.
عـراق
با ظهور حكومت صفويه (۹۰۷ ق) در ايران و توجّه ايرانيان به عتبات مقدّس ـ كه منجر به بازگشايى مدارس شيعى در عراق شد ـ ۳ مركزيت علمى به تدريج از حلّه به نجف منتقل شد.