گفتنى است مسجد النبي دو بار طعمه حريق شده است . نخست در سال ۶۵۴ هجرى و در زمان خلافت المستعصم باللّه بود كه به تدريج تعمير شد . سپس در سال ۸۸۶ هجرى تمام مسجد به جز حجره شريف نبوى و گنبد سوخت كه به دستور سلطان مصر «ملك قايتباى» ، آن را از نو ساختند . اين تجديد بنا در سال ۸۸۸ هجرى پايان يافت و در ضمن آن اندكى در جهت مشرق مسجد توسعه دادند .