پژوهشگاه قرآن و حدیث در مسیر تحقق مأموریت یادشده همواره به اصول و ارزش­های زیر توجه خواهد داشت:

1. آرمان­ها و ارزش­های اسلامی و اخلاقی برخاسته از قرآن و حدیث؛
2. مرجعیت تؤمان و جدایی ناپذیر قرآن و اهل بیت (علیهم السلام)؛
3. اصول و ارزش‌های انقلاب اسلامی و دیدگاه‌های امام راحل و مقام معظم رهبری؛
4. معطوف بودن پژوهش­ها به نیازهای عینی و واقعی امروز و فردای جامعه و نظام اسلامی ایران و جهان اسلام؛
5. حاکمیت فضای علمی و پژوهشی پرنشاط همراه با نوآوری، ارزش‌مداری و آرمان‌گرایی؛
6. علم محوری، پژوهش­گرایی و پیشتازی در تولید علم و گسترش مرزهای دانش؛
7. شایسته‌سالاری در جذب و گزینش مدیران، پژوهشگران و کارمندان؛
8. توجه توأمان به پژوهش‌های بنیادین و کاربردی با هدف پاسخ‌گویی به نیاز‌های مبنایی و نظری حوزه علوم و معارف قرآن و حدیث و پژوهش­های کاربردی با هدف پاسخ‌گویی به نیاز‌های جامعه و نظام اسلامی در حوزه‌های گوناگون فردی، خانوادگی و اجتماعی؛
9. حفظ کرامت و منزلت مدیران، پژوهشگران و کارمندان در همه مناسبات میان فردی و سازمانی.