پژوهشگاه قرآن و حدیث به عنوان مرکز علمی و پژوهشی وابسته به«موسسه علمی، فرهنگی دارالحدیث » مأموریت زیر را بر عهده دارد:

نظریه‌پردازی، تولید دانش، روش و انجام پژوهش‌های بنیادی و کاربردی در حوزه علوم اسلامی و انسانی برپایه قرآن و حدیث و تربیت پژوهشگران توانمند برای انجام پژوهش‌های گوناگون این حوزه با توجه به نیازهای تخصصی و عمومی جامعه و نظام اسلامی ایران و جهان اسلام و نهادینه کردن دستاوردهای نوین این عرصه در فضای علمی حوزه و دانشگاه با بهره‌گیری از فنون، شیوه‌ها و فناوری‌های نوین پژوهشی.