توحید به صورت دو مقوله مستقل که هر یک معرفت و دلیل خاصی داشته باشد، مطرح نشده است؛ بلکه معرفتی از خدا که انسان‌ها مفطور برآنند، شامل توحید نیز می‌شود و انسان‌ها خدای واحد و یگانه را به‌طور فطری می‌شناسند؛ از این‌رو امام باقر علیه السلام در تفسیر آیه (فِطْرَتَ اللَّهِ الَّتِی فَطَرَ النَّاسَ عَلَیْهَا) می‌فرماید:
فطرهم علی التوحید عند المیثاق علی معرفته أنّه ربهم؛^۱خداوند، مردم را در میثاق بر توحید و معرفت به این‌که خدا پروردگار آن‌ها است، مفطور ساخت.
در آیات قرآن و احادیث، نکات بسیاری در مورد ماهیت و منشأ فطرت خداشناسی (اعم از معرفت خدا و توحید) مطرح شده است.
چکیده این نکات این است که انسان، گذشته از شناخت عقلی خدا که شناختی استدلالی است و براساس آن عقل با توجه به مخلوقات به خالق و پدید آورنده مخلوقات پی می‌برد، دارای معرفتی قلبی از خدا است که بدون کمک‌گرفتن از مخلوقات و استدلال عقلی حاصل شده است. سابقه این معرفت به عوالم پیش از جهان کنونی برمی‌گردد و خداوند همه انسان‌ها را در عوالمی که گاه از آن‌ها به عالم ذر و عالم ارواح تعبیر می‌شود، جمع کرد و خود را بدون واسطه به آن‌ها شناساند و پس از این شناخت، از آن‌ها به ربوبیت خود اقرار گرفت و همین شناخت که متضمن توحید نیز هست، در روح و جان انسان‌ها مفطور شد؛ از این‌رو آنان همراه با همین فطرت توحیدی وارد جهان کنونی می‌شوند و نخستین معرفت انسان نسبت به خدا، همین معرفت قلبی و فطری است. قرآن کریم در این‌باره می‌فرماید:
وَإِذْ أَخَذَ رَبُّکَ مِن بَنِی آدَمَ مِن ظُهُورِهِمْ ذُرِّیَّتَهُمْ وَأَشْهَدَهُمْ عَلَی أَنْفُسِهِمْ أَلَسْتُ بِرَبِّکُمْ قَالُوا بَلَی شَهِدْنَا أَن تَقُولُوا یَوْمَ الْقِیَامَةِ إِنَّا کُنَّا عَنْ هذَا غَافِلِینَ أَوْ تَقُولُوا إِنَّمَا أَشْرَکَ آبَاؤُنَا مِن قَبْلُ وَکُنَّا ذُرِّیَّةً مِن بَعْدِهِمْ أَفَتُهْلِکُنَا بِمَا فَعَلَ الْمُبْطِلُونَ؛^۲

سپاس و ستایش خدایی را که سپاس و ستایش خود را بر بندگانش الهام کرد و آنان را بر شناخت پروردگاری‌اش مفطور ساخت.
آن امام همام خطاب به خدا عرض می‌کند:
خردها را بر معرفت خود مفطور ساختی.^۱
امام حسین علیه السلام در دعای عرفه ضمن تبیین کیفیت خلقت به خدا عرض می‌کند:
حجّت و دلیل خود را از راه الهام معرفت خود بر من، واجب کردی.^۲
امام رضا علیه السلام نیز دلیل و حجت خدا را از راه فطرت تثبیت شده می‌داند:
بالفطرة تثبت حجته.^۳
در فرمایشات ائمه علیهم السلام، از واژه معرفت برای تبیین و تفسیر فطرت، استفاده شده است، نه حبّ، عشق، میل و شوق؛ بنابراین، فطرت خداشناسی را نمی‌توان به معنای گرایش و عشق به خدا دانست؛ هر چند ممکن است همه انسان‌ها یا گروهی از آن‌ها یعنی مؤمنان به خدا گرایش داشته باشند؛ امّا در احادیث، فطرت خداشناسی به معنای معرفت خدا است. کسانی که فطرت را به معنای گرایش می‌دانند، از راه این استدلال که لازمه عشق فعلی معشوق فعلی است و فطرت متوجه کمال مطلق می‌شود و کمال مطلق خدا است، به معرفت خدا و اثبات وجود او می‌رسند^۴ ؛ در حالی که اگر فطرت معرفت خدا باشد، بدون استدلال به خدا خواهد رسید؛ زیرا دلیل اعتبار این معرفت، وجدان انسان‌هاست، که پس از تذکر پیامبران و امامان حاصل می‌شود. این گونه متون را در بحث طبقه بندی متون دینی، متون تذکری نامیده می‌شود. در بحث نقش های عقل با تعبیر «تعاملی و استقلالی» از وجدان انسان در تعامل با وحی یاد شده است.
توحید و یگانگی خدا نیز از فطریات است: «کلمه الاخلاص فانها الفطره».^۵ درباره ارتباط معرفت خدا و توحید باید گفت: در آیات و روایات مربوط به فطرت، معرفت خدا و