از این بحث روشن می‌شود که مبحث تعارض عقل و نقل با بحث تعیین محدوده عقل و نقل مرتبط است. اگر حوزه عمل عقل مستقل از وحی و نقل روشن باشد، در خصوص تقدیم یکی بر دیگری می‌توان قضاوت کرد، زیرا در واقع یکی از دو دلیل حجت است و دلیل دیگر در محدوده ای خارج از توان او تنظیم شده و قطعاً دچار مشکل است.
حال اگر فرض کنیم عقل در محدوده کارکرد مستقل خود به مطلبی به صورت یقینی رسیده است؛ مثلاً عقل حکم می‌کند که ۴= ۲×۲ یا ظلم و تکلیف بمالایطاق و جبر باطل است، اما با وجود آن نقل یقینی یا اطمینانی بر خلاف این امور حکم کرده است و این تعارض مستقر می‌باشد، روشن است که در این‌جا باید حکم به تقدیم دلیل عقلی بر دلیل نقلی نمود، زیرا نقل بر اساس عقل به اثبات رسیده است و اگر کسی نقل را بر عقل مقدم کند، پایه و اساس نقل را که عقل باشد نقض کرده و در واقع نقل را نیز نقض نموده است که خلاف فرض اوست.

فطرت

در مباحث مقدماتی بیان شد که منظور از روش عقلی و نیز عقل، معنای عام آن، یعنی روش غیرنقلی و معارف معتبر غیرنقلی است. بنابراین فطرت نیز زیرمجموعه عقل خواهد بود. اما به دلیل اهمیت بحث فطرت به اختصار درباره آن بحث می‌شود و توضیح بحث را به نوشته‌هایی که پیش از این درباره فطرت منتشر شده، ارجاع می‌شود.^۱
معنای اصلی فطرت در لغت، آغاز است^۲ ؛ به همین مناسبت، به معنای «خلق» نیز به‌کار می‌رود؛ چون خلق چیزی، به معنای ایجاد آن چیز و آغاز وجود و تحقق شیء است. ابن‌عباس می‌گوید:

با توجه به این که دلیل نقل اطمینانی، عقل قطعی است و عقل با دلیل قطعی حجیت نقل اطمینانی را به اثبات می رساند، ارزش نقل اطمینانی نیز در حد قطع خواهد بود، چون یقین وجود دارد که نقل اطمینانی حجت است.^۱ بنابراین در هر دو صورت تعارض بین عقل قطعی و نقل قطعی است، منتهی نقل قطعی دو صورت دارد، یکی مستقیماً قطعی است و دیگری با ملاحظه دلیل، حجت قطعی است.
از مباحثی که تا کنون مطرح شد می‌توان استفاده کرد که موردی برای تعارض عقل قطعی و نقل قطعی وجود ندارد، زیرا تعارضات مطرح شده مانند آنچه در خصوص «ید الله فوق ایدیهم» اساساً با تعامل عقل و وحی مطرح نخواهد شد و اگر مطرح شود یک تعارض بدوی است که خارج از بحث تعارض است. بسیاری از تعارضات مطرح شده مثل تعارض نظریات علمی و فلسفی با آموزه‌های دینی اگر مورد بررسی دقیق قرار گیرد، روشن می‌شود که این نظریات قطعی نیست، بلکه امور ظنی و بعضاً احتمالی است که اشکالات زیادی بر آنها وارد شده و یا قابل طرح است. با توجه به این که دلیل عقلی باید قطعی باشد این موارد از بحث تعارض خارج خواهد شد.
اصولاً در مباحث نظری و مشکل، حصول قطع نوعی به ندرت اتفاق می‌افتد و در این موارد نیز وحی مؤید عقل است. زیرا در این گونه امور معمولاً دانشمندان و فیلسوفان نظریات متفاوت و متعارض دارند و اگر به دلایل آنها دقت شود، معلوم می‌شودکه بحث جدلی الطرفین است، مانند بحث حدوث و قدم جهان. به عبارت دیگر، در این گونه موارد عقل به تنهایی قادر به حل مسأله نیست و اگر عقل و وحی با تعامل با هم در مسیر کشف حقیقت حرکت کنند، به حقیقت خواهند رسید. در واقع این که شخص خیال می‌کند قطع عقلی دارد به این دلیل است که موضوع بحث، بحثی پیچیده است و نیازمند کمک گرفتن از وحی می‌باشد. اما شخص خود را به تکلف می‌اندازد و با ضمیمه کردن چند مقدمه که برخی ظنی است و از روی ناچاری به آن تمسک شده،‌ در صدد کشف حقیقت است. از این رو فیلسوف دیگر، اگر در مقام نقد برآید و تقلید را کنار بگذارد به راحتی می‌تواند با کشف مقدمات و پیش فرض‌های وی و نشان دادن ظنی بودن برخی از این پیش فرض‌ها، دلیل به ظاهر برهانی او را ابطال نماید.