کارکرد دوم عقل یعنی امر و نهی، مانند این است که خداوند در قرآن می‌فرماید: (ان الصلوة تنهی عن الفحشاء و المنکر).^۱ نهی نماز به معنای اراده که پس از آن فعل صادر می‌شود نیست، بلکه باز دارندگی نماز به صورت اقتضائی و دعوت به خوبی‌ها و ترک بدی‌ها و حداکثر فشار روحی بر انسان است و مجبور شدن انسان نسبت به انجام و ترک عملی خاص را در پی ندارد.
بنابراین عقل عملی هم حسن و قبح افعال را به صورت کلی و جزئی درک می‌کند و هم حکم به باید و نباید می‌کند و هم بر انسان فشار روحی می‌آورد، اما همه این‌ها در مرحله اقتضاء است نه علت تامه. حکم تکوینی تخلف ناپذیر، البته پس از امضای خداوند، به اراده ‌نفس قادر مختار بر می‌گردد نه عقل. این ادراک و حکم و فشار به قدرت عقل عملی باز می‌گردد و انسان با نور عقل این قدرت را در خود وجدان می‌کند و لازم نیست که به امور دیگر مانند مصالح اجتماعی یا امر شارع یا ضرورت بالقیاس نسبت به کمال و سعادت نهایی باز گردانده شود.
کارکرد دوم عقل عملی، کاملاً بر معنای لغوی عقل که معادل نهی و زجر است، منطبق می‌باشد، هر چند کارکرد اول عقل عملی و نیز دیگر کارکردهای عقل هر یک به گونه‌ای هر چند بعید، در مسیر ترک بدی‌هاست. در بحث از کارکرد ابزاری مجدداً راجع به این موضوع، صحبت خواهد شد.

کارکرد ابزاری

از این کارکرد عقل در احادیث به «تدبیر» «معاش» تعبیر شده است و منظور از آن عقلی است که انسان را به تدبیر و اصلاح امور زندگی و سامان بخشی به معاش دنیوی هدایت می‌کند. این عقل در صدد یافتن تدابیری است که انسان را به اهداف مورد نظرش در زندگی برساند. بر اساس این تعریف از عقل، همه علوم و تکنولوژی‌هایی که برای رسیدن به اهداف مشخصی به دست می‌آید، به عقل ابزاری بر می‌گردد. البته این مطلب منافاتی با این که عقل نظری و حسی، در تولید این علوم دخالت داده شود، ندارد. زیرا

در دسته اول احادیث، سخن از معرفت و فهم است و در دسته دوم، سخن از امر و زجر. بر اساس این دو دسته احادیث،‌ عقل عملی هم حسن و قبح افعال را ادراک می‌کند و هم به خوبی‌ها امر می‌کند و از بدی‌ها نهی و زجر می‌کند.
در خصوص کارکرد اول، نفس با کمک عقل، حسن و قبح افعال را به صورت کلی درک می‌کند و می‌فهمد که عدالت و راستگویی، خوب و واجب است و ظلم و دروغ گویی بد و حرام است. در این ادراک نفس غیر از عقل از هیچ ابزار دیگری استفاده نمی‌کند. همچنین نفس با کمک عقل می‌فهمد که عملی خاص، ظلم و در نتیجه، قبیح و حرام است. البته در این درک از قوه حس نیز استفاده می‌کند.
اما درک مصداق عدالت و خوبی، مانند درک عدالت به طور کلی و خوبی عدالت به طور کلی بر عهده عقل عملی است.
در خصوص کارکرد دوم عقل‌عملی، باید توجه‌داشت که منظور، قوه محرّکه، به معنای اراده، نیست؛ زیرا ممکن است عقل به انجام عملی خاص فرمان دهد، اما انسان آن عمل را اراده نکند. اراده، خود، عملی جوانحی است که مبدا عمل جوارحی است. این عمل جوانحی توسط نفس بر اساس قدرت و اختیار صورت می‌پذیرد. پس از این که جهل و شهوت انجام کار زشت را به نفس دستور می‌دهد و به نفس فشار می‌آورد و در مقابل، عقل و خرد انجام کار خوب را به نفس دستور می‌دهد و به نفس فشار می‌آورد، این نفس است که بر اساس قدرت و اختیار در مقابل دو راهی قرار می‌گیرد و با آزادی، یکی از این دو دعوت را اجابت می‌کند. حتی نفس در این شرایط مرجحات دو طرف را ملاحظه می‌کند و مرجحات یک طرف را بر مرجحات طرف دیگر ترجیح می‌دهد و در واقع، آن را به عنوان مرجح برمی‌گزیند و مرجح طرف مقابل را کنار می‌گذارد و سپس بر اساس مرجح انتخاب شده، اراده می‌کند. بنابراین عمل عقل، اراده نیست. اگر عمل عقل اراده بود در این صورت انسان‌ها همیشه مجبور به عمل بر طبق عقل بودند، در حالی که روشن است اولاً انسان‌ها همواره بر اساس عقل عمل نمی‌کنند، و ثانیاً انسان موجودی مجبور نیست.