معنای دیگر عقل در اصطلاح فلسفی، یکی از قوای نفس انسانی است. در این معنا، عقل مستقل نبوده، بلکه با نفس متّحد است و یکی از قوا و مراتب آن به شمار می‌رود. عقل بشری در مقابل قوه خیال، وهم و حس قرار دارد و قادر به ادراک مفاهیم کلّی است و می‌تواند مسائل نظری را از مقدمات بدیهی و معلوم استنباط کند. این عقل به ملاحظه مدرکاتش دو نوع است: عقل نظری و عقل عملی. عقل نظری خود چهار مرتبه دارد: عقل هیولانی، عقل بالملکه، عقل بالفعل و عقل مستفاد.^۱
با مقایسه آیات و احادیثی که در موضوع عقل وارد شده با مفهوم عقل اصطلاحی، دو تفاوت وجود شناختی و سه تفاوت معرفت شناختی مهم قابل استنباط است.
تفاوت اول وجودشناختی، این است که در آیات و احادیث سخنی از عقول طولی و عرضی مطرح در فلسفه به میان نیامده و تنها عقل انسانی مطرح شده است. تفاوت دوم وجودشناختی این است که در فلسفه عقل از مراتب ذاتی نفس بوده و قوه‌ای است که با نفس متحد است. در حالی که در احادیث عقل نوری است که بر نفس انسانی افاضه می‌شود و این افاضه ممکن است کم و زیاد شود.^۲
تفاوت اول معرفت شناختی این است که عقل در اصطلاح قوه‌ای بشری است که امکان خطا و اشتباه در آن راه دارد. در حالی که عقل مطرح در قرآن و احادیث، نوری الهی است که معصوم بوده و از این رو حجّت باطنی است که در کنار حجّت ظاهری یعنی پیامبران علیهم السلام و امامان معصوم علیهم السلام قرار گرفته است.^۳
تفاوت دوم معرفت‌شناختی این‌است که در فلسفه، عقل قوه ادراک مفاهیم کلی است اما براساس متون اسلامی ادراک عقل، منحصر به مفاهیم و کلیات نیست و واقعیات و جزئیات را هم می‌تواند درک‌کند. در حقیقت ادراک از آنِ قلب و روح است و روشنایی روح به عقل است و حواس تنها ابزارهای کمکی برای ادراک روح نورانی شده با عقل هستند.^۴

۵. عقل در کتاب نفس، چهار مرتبه دارد: عقل بالقوه و عقل بالملکه و عقل بالفعل و عقل مستفاد.
۶. عقل در کتاب الهیات یعنی موجودی که به چیزی جز خدا تعلّق ندارد و کمالاتش بالفعل است.^۱
علامه مجلسی نیز شش معنا برای عقل ذکر کرده که مشابه معانی عقل در نوشته‌های ملاصدراست. البته یکی از معانی ذکر شده توسط علامه مجلسی که به نظر می‌رسد در عبارات ملاصدرا بیان نشده، عبارت است از:
ملکه و حالتی در نفس که انسان را به انتخاب خیرات و ترک شرور دعوت می‌کند و با آن انسان می‌تواند با دواعی شهوانی و وساوس شیطانی مبارزه کند.^۲ وی این معنا را یا مغایر با قوه ادراک خیر و شر یا صورت کامل شده آن می‌داند.
رایج‌ترین معانی عقل در فلسفه که اکثر معانی ذکر شده به آنها برمی‌گردند عبارتند از:
یکی، موجودی که ذاتاً و فعلاً مجرّد بوده و به طور مستقل، یعنی بدون تعلّق به نفس و بدن، موجود است. فلاسفه به مقتضای قاعده «الواحد لایصدر منه الا الواحد» و قاعده «امکان اشرف» و دلایل دیگر^۳ ، وجود سلسله‌ای از عقول را تصویر کرده‌اند که واسطه فیض الهی است. بدین ترتیب که از خدا تنها یک موجود که عقل اول نامیده می‌شود صادر شده و از آن، عقل دوم، تا به عقل دهم که عقل فعال نام دارد، منبعث گردیده است. عالم طبیعت از عقل فعال صادر شده است. این عقول، عقول طولی هستند و در میان‌شان رابطه علیّت برقرار است.
شیخ اشراق با پذیرش این معنا، ضمن اثبات عقول طولی مشائین، تعداد آنها را بیش از ده دانسته و گذشته از عقول طولی به عقول عرضی یا ارباب انواع، معتقد گشته است.^۴