احتمال بازگشت دوباره میثمی به بغداد
هر چند علی‌بن اسماعیل میثمی در اواخر سده دوم هجری، بغداد را ترک گفته و در بصره ساکن شده و در آنجا مباحثات علمی خویش را پیگیری می‌کرد، ولی برخی گزارش‌ها نشان از آن دارند که او با حسن‌بن سهل سرخسی (م.۲۳۵ق) - وزیر نامدار مأمون عباسی (خ.۱۹۸ق-۲۱۸ق) - ارتباط داشته و در حضور وی با یک ملحد (بی دین) مناظره و گفت‌‌وگو کرده است.۱ دقیقاً نمی‌دانیم این ماجرا در کجا روی داده است، ولی از آنجایی‌که حسن‌بن سهل - وزیر عباسیان - در بغداد سکونت داشته، ۲ احتمال می‌رود علی‌بن اسماعیل میثمی، زمانی به بغداد آمده و با پشتوانه این دولتمرد سیاسی بحث‌های کلامی را دنبال می‌کرده است.
این گمانه از این رو تقویت می‌شود که با استقرار مأمون عباسی در بغداد، مباحثات علمی در این شهر رونق بیشتری گرفت؛ شاید بتوان گفت تا حدودی فضای خفقان گذشته نسبت به شیعیان نیز تعدیل شده بود و از این رو بعید نمی‌نماید علی‌بن اسماعیل میثمی برای تضارب آرا و بگو مگو‌های علمی به بغداد رفت و آمد داشته است.
شبهه جدایی میثمی از خط فکری هشام‌بن حکم
برخی پژوهشگران مطالعات تاریخ تفکر امامیه بر این باورند که میثمی همانند سکاک بغدادی - دیگر شاگرد هشام - به تدریج از خط فکری استادش هشام‌بن حکم فاصله گرفته است.۳ در این زمینه باید گفت هر چند درباره فاصله گرفتن محمدبن خلیل سکاک بغدادی در بسیاری از مسائل کلامی از استادش هشام‌بن حکم گزارش‌هایی
