اگرچه این دو جریان در روش، تفاوت‌هایی با یکدیگر داشتند، اما در بن‌مایه‌های فکری خود تفاوت اساسی نداشته و بر محور معارف رسیده از اهل بیت علیهم السلام متمرکز می‌شدند. از این‌رو می‌توان با بازخوانی نظریه‌های کلامی و تبیین‌های منقول از متکلمان این مدرسه و نیز مراجعه به روایات نقل شده از سوی محدثان در آن دوران، اندیشه امامیه در مدرسه کوفه را بازیابی و بازخوانی کرد.
کلام امامیه پس از افول و پایان فعالیت مدرسه کلامی کوفه - در نیمه سده سوم - با همان شاخص‌های معرفتیِ جریان محدث-متکلمان، به قم انتقال یافت. محدثان و اندیشوران مدرسه قم، تلاش گسترده‌ای را برای فهم دستگاه معرفتیِ درون روایات و ارائه این نظام معرفتی به جامعه مؤمنان آغاز کردند. مشایخ قم در کنار حفظ و پالایش میراث رسیده از کوفه، برای نخستین بار تولید و تدوین نظام کلامی و کتاب‌های جامع را رقم زدند. در میان آثار باقی‌مانده از این مدرسه کلامی، منابعی چند در حوزه کلام تبیینی وجود دارد که با استفاده از دلایل عقلی، به توضیح و تبیین روایات پرداخته است. این منابع، دستگاه معرفتی مستخرج از روایات را در مجموعه‌ای نظام‌مند ارائه کرده‌اند. با توجه به اینکه اندیشه کلامی امامیه تا پایان سده چهارم، عمدتاً در این دو مدرسه تبیین و ارائه شده است، برای بازشناسی نظریه «أمر بین أمرین» در اندیشه امامیه نخستین، به آثار و اندیشه اندیشوران کوفه و قم مراجعه می‌کنیم. البته آثار اندک و گزارش‌های پراکنده‌ای از اندیشه معدود متکلمان و اندیشوران امامیه در بغداد - پیش از شکل‌گیری مدرسه عقل‌گرای امامیه در بغداد - نیز وجود دارد که می‌تواند تصویر نسبتاً روشنی از دیدگاه امامیه نخستین تا پیش از مدرسه بغداد را ترسیم نماید.
نظریه أمر بین أمرین در مدرسه کلامی کوفه
پیش‌تر اشاره شد که در آغاز سده دوم، در موضوع فاعلیت انسان، دو نظریه جبر و
