گفت: حال من تفصیلی دارد و آن این است که من تحصیل فقه و اصول را در عتبات عالیات نمودم و به درجه اجتهاد نائل شده و به وطن مألوف عودت نموده، مرجع امور شرعیّه گردیدم، تا آن که یک وقت پیش خود به این فکر افتادم که من در اصول دین ناقصم و تحصیلاتم در این خصوص ناقص است، پس عزم جزم کردم که مسافرت اختیار کنم برای تحصیل آن. پس مردم و اقوام که از این خیال مطّلع شدند، از در ایراد داخل شدند که تو مردی هستی ملّا، من گفتم هنوز ملّا نشده‌ام و هشت سال دیگر باید بروم و تحصیل کنم. زوجه‌ام نیز راضی نبود. پس او را طلاق داده، اثاثیه را فروختم روانه شهر تهران شدم.
تا چند وقتی هم با کسی مأنوس نبودم و در دهن زخم بدی داشتم و دستمالی بر دهن بسته بودم، تا آن که یک روز از میان خیابان عبور می‌کردم، شخصی به من برخورد، بدون سابقه آشنایی از من پرسید: فلانی چرا دهن خود را بسته‌ای و چرا فلان دوا را استعمال نمی‌کنی که خوب شود؟
چون به منزل آمدم گفتم ضرر ندارد این دوا را استعمال کنم. پس استعمال نمودم. فوراً اثر کرده، دهن خوب شد. پس دانستم که از اثر نفس آن شخص بوده و این که او شخص جلیل‌القدری است، تا دفعه دیگر که ملاقات با او حاصل شد با او طرح رفاقت انداختم تا آن که معلوم شد این شخص شب‌ها در بیرون دروازه تهران، در خرابه‌ای که آنجاست منزل دارد و روزها داخل شهر می‌شود و از این نحو شغل‌ها دارد. پس کم کم معلوم شد از نوّاب حضرت حجّتعجل الله تعالی فرجه است که مأمور شهر تهران از جانب آن حضرت شده است.
پس آن شخص مرا دلالت کرد سوی کتاب مذکور و درس شما و یک شخص دیگر، ولی آن شخص دیگر را سپرد که داخل حجره‌اش نشوم، بلکه از در حجره کلماتش را استماع نمایم؛ زیرا که بد عمل است.
پس نقل کتاب را که به او گفتم، گفت: آقا میرزا محمّد باقر را منقطعه‌ای^۱ است، و وقتش مضیّق است، و به آن منقطعه نمی‌رسد، فقط همین وقتی که تو درس داری

متفاوت از یک واقعه است. متن گزارشی که آیة الله حاج شیخ محمد علی اراکی
_ رضوان الله علیه _ نقل کرده این است:
«نقل کرد جناب مستطاب شریعت‌مآب آقای حاج شیخ محمّد باقر^۱ سلّمه الله، نجل نبیل مرحوم خلد آشیان حاج محمّد ابراهیم خونساری طاب ثراه از جناب مستطاب علّام فهّام آخوند ملّا محمّد علی سلّمه الله، ساکن در قریه بازنه، بعد از آن که تعریف از فضل ایشان در معقول و خصوص تقوای ایشان نمودند و گفتند که در نجف اشرف درس می‌خوانده در محضر مرحوم آخوند [خراسانی] و مرحوم آمیرزا محمّد باقر اصطهباناتی، منقول را و نقل کرد که ایشان ترجیح [استاد] ثانی بر اوّل داده‌اند و از خواصّ [شاگردان] ثانی بوده‌اند، حتّی آن که در زمان فوت وصیّت کرده بود که ایشان بر جنازه‌اش نماز بخوانند.
الحاصل این آخوند _ دام بقاءه _ نقل کرده از استاد خودش مرحوم آمیرزا محمّد باقر که ایشان گفته من قریب بیست سال قبل در تهران بودم و هم درس می‌خواندم و هم تدریس می‌کردم، تا آن که وقتی آخوندی آمد و اظهار داشت که کتاب شفاء الصدور را که در اصول دین بود بر نهج موافق شرع برایش درس بگویم. پس من گفتم وقت ندارم. او مصر شد تا بالاخره راضی شدم. پس من هم باید آن کتاب را داشته باشم و ندارم. آن آخوند گفت: نسخه که من دارم شب‌ها پیش شما و روزها پیش من باشد.
پس از چندی به این طریق گذشت تا آن که یک روز صبح که آمد هر چه گردیدیم پی کتاب، نیافتیم و در خانه ما آن کتاب گم شد. پس آن آخوند گفت: این طور نمی‌شود، بی‌کتاب امر من نمی‌گذرد.
پس رفت و روز دیگر یا دو روز دیگر آمد و سه بقچه که در اطاق بود، بقچه سِیّمی را دست کرد باز کرد و کتاب را از میان آن بیرون آورد. پس من تعجّب بسیار کردم و گفتم: تو از کجا این را دانستی که در این بقچه است و من آنچه کردم نیافتم و تو به این زودی آن را پیدا کردی؟